چین بزرگ، کشوری سرشار از منابع طبیعی و احزاب سیاسی مختلف، پس از گم شدن رئیس جمهور به آشوب کشیده می‌شود و گروه شبه نظامی لژیون کنترل کشور را در دست می‌گیرد. اکنون خانواده رئیس جمهور با همکاری گروه آدونیس، گروهی مزدور را استخدام کرده‌اند تا رئیس جمهور را پیدا کرده و امنیت را به کشور بازگردانند. در بازی Jagged Alliance 3 گروهی عظیم از مزدوران را در اختیار دارید که هر کدام شخصیت، رفتار و پس زمینه‌های منحصربفردی دارند. شما با کنترل این مزدوران می‌توانید در چین بزرگ بگردید، با احزاب مختلف آشنا شوید، درآمد کسب کنید و با گسترش ارتش خود، سرنوشت کشور را تغییر دهید.

بازی Jagged Alliance 3 دارای مبارزات تاکتیکی نوبتی واقع‌گرایانه با جزئیات فراوان است که دست شما را در انتخاب تاکتیک آزاد می‌گذارند. در طول این مبارزات ممکن است با شرایطی غیر قابل پیش بینی مانند گیر کردن سلاح، عبور گلوله از موانع مختلف، انفجارهای غیر قابل کنترل و زخم‌های عمیق مواجه شوید. مبارزات بازی دارای سیستم امتیاز اکشن هستند و انتخاب نحوه استفاده از این امتیاز، سرنوشت هر کاراکتر را تعیین می‌کند. در مبارزات به انتخاب‌های تاکتیکی مختلفی مثل شلیک دقیق به عضو خاصی از بدن دشمن، انتخاب نوع شلیک سلاح بین تک تیر و اتوماتیک، به کار گیری تک تیر انداز برای نگهبانی، تغییر وضعیت سربازها و تصمیمات حیاتی دیگر دسترسی خواهید داشت.

در بازی Jagged Alliance 3 باید مناطق مختلف را کنترل کنید، شبه نظامیان محلی را تمرین دهید، به جوخه‌های مختلف دستور دهید و در دنیایی پویا، از نیروهای خود در برابر حملات دشمن محافظت کنید. به شکلی که مایل هستید در نقشه بازی بگردید، پایگاه‌ها و نواحی تحت کنترل دشمن را تصاحب کنید، با نیروهای گشت دشمن درگیر شوید و با حمله به محموله‌های دشمن، غنائم باارزشی را به دست آورید. هر قسمت از نقشه بازی دارای مبارزات، مناطق مختلف برای گشت و گذار و NPCهای منحصربفردی است که با توجه به زمان، آب و هوا و تصمیماتی که گرفته‌اید، تغییر می‌کنند.