داستان بازی در بازه زمانی سنگوکو ژاپن روایت می‌شود. کودکی از دل جنگ بیرون می‌آید و آموزش می‌بیند تا به یکی از حرفه‌ای‌ترین و مرگبارترین شینوبی‌ها تبدیل شود. در یکی از روزها Owl، پدرخوانده کاراکتر اصلی، به او مأموریت می‌دهد که از ارباب کورو به‌هر قیمی محافظت کند،
اما شینوبی داستان در مأموریت خود ناکام می‌ماند و درحالی‌که دست خود را از دست داده است، طعم مرگ را می‌چشد. Sekiro: Shadows Die Twice داستان عشق، نفرت و انتقام را روایت می‌کند. عشق به اربابی که هنوز ابتدای راه است و باید او را در مسیری طولانی و خطرناک همراهی کنید، نفرت از وقایعی که در این مسیر برای شما رخ می‌دهد و در انتها، انتقامی که لحظه‌به‌لحظه ذهن شما را به‌خود اختصاص داده است تا اعتبار از دست رفته به‌عنوان یک نینجا بازگردد.
فرام سافتور این بار از یک کاراکتر از پیش تعیین شده و شخصی که دارای پس‌زمینه‌ی داستانی است، برای داستان بازی استفاده کرده است و برخلاف ساخته‌های قبلی، شاهد داستانی هستیم که برای فهمیدن‌اش نیازی به‌گشت‌وگذار در محیط نیست.
بااین‌حال جهان سکیرو پر از NPCهایی است که هرکدام سرگذشت و داستان مخصوص به‌خودشان را دارند و بعضی از آن‌ها هم در داستان اصلی تاثیر گذار خواهند بود.
مورد دیگری که روایت داستانی سکیرو را جذاب جلوه می‌دهد، دیالوگ‌هایی است که میان کاراکترهای بازی و شخصیت اصلی روایت می‌شود. شینوبی داستان با نام گرگ یک دست یا Son of Owl شناخته می‌شود، اما رفته رفته هویت جدیدی پیدا می‌کند و از طرفی صحبت کردن گرگ با سایر کاراکترها، باعث برقراری ارتباط میان بازیکن و کاراکتر اصلی می‌شود.
